醫藥物流管理系統是通過入庫業務、出庫業務、倉庫調撥、庫存調撥和虛倉管理等功能，綜合批次管理、物料對應、庫存盤點、質檢管理、虛倉管理和即時庫存管理等功能綜合運用的管理系統，有效控制并跟蹤倉庫業務的物流和成本管理全過程，實現完善的企業倉儲信息管理。該系統可以獨立執行庫存操作，與其他系統的單據和憑證等結合使用，可提供更為完整全面的企業業務流程和財務管理信息。
醫藥物流管理系統功能模塊：管理單獨訂單處理及庫存控制、基本信息管理、貨物流管理、信息報表、收貨管理、揀選管理、盤點管理、移庫管理、打印管理和后臺服務系統等。
醫藥物流系統是作業系統(標注化作業，固化作業流程，減少不同作業差異)，細節決定成敗，一個小小的流程改善可能節省N多時間和N多勞力，同樣一個小小疏忽就能浪費N多時間和N多勞力。一線作業員工辛苦，要想盡一切辦法在提高效率降低成本的基礎上減少員工的勞動強度、減少不必要的作業、縮短動線、減少重復操作。
在新版《藥品經營質量管理規范》(GSP)等法律法規的要求下，以大科技醫藥物流系統更注重以下方面：
重視批號管理，指定批號出庫
重視藥品流向跟蹤
重視養護的記錄
重視精麻、一類等重點藥品等特殊藥品管理
重視藥品的電子監管、器械唯一碼全程跟蹤管理
重視藥檢單管理
重視存儲條件劃分
重視與物流設備的聯動等。
以大科技醫藥物流解決方案
(1)庫存管理方面
多倉多貨主管理，隨著分銷體系扁平化、第三方物流興起，醫藥分銷企業會越來越多開展多倉運作，在一體化云WMS系統中藥支持多倉多貨主管理
批次批號管理，有的需要管理到供應商(居間人)、滅菌批號、合同號、批次，且要管理到效期及生產日期
質量狀態管理，藥品質量狀態分為合格、隔離、不合格三種質量狀態，而且每個質量狀態下有不同的原因(如：破損、運輸污染等)
序列號管理，對于藥品有電子監管碼、防竄貨嗎，對于器械有GS1碼等，這些可能都是庫存管理的維度
養護管理，這個屬于藥品管理獨特的地方，相對以前來講，養護職責發生了一些變化，主要通過溫濕度實施監控，保證藥品的存儲條件來保證藥品的質量，但是諸如重點品種、首營品種、近效期、過效期、特殊需求等庫存還是要做養護，并在系統里做好養護記錄，對于中草藥養護就更為重要了
效期管理，對于藥品來講，效期管理非常重要，GSP對此做了諸多要求，如在各環節做近效期和過效期提示，對于過效期產品要進行鎖定停銷
商品溫度存儲管理，對于藥品來講，不同藥品有其存儲溫度帶要求，一般來講有：常溫、陰涼、冷藏、冷凍、恒溫等，不同商品要存儲在不同的溫度區域，這樣需要WMS支持自動指定上架區域或者庫位，通過系統保證商品存儲溫度區域準確
商品屬性存儲管理，對于藥品來講，按照GSP要求，不同的屬性有不同存儲要求(專庫存放、分區存放)，如：精麻、二類、串味要專庫存放(物理分區)，內用與外服要分區存放等，這樣需要WMS支持自動指定上架區域或者庫位，通過系統保證商品屬性存放區域準確
盤點，WMS需要支持以下盤點功能：按盤點頻率來分：循環盤點(根據商品屬性、貨主需求、倉儲管理需求等制定循環盤點規則)、日動對盤點、全盤;按盤點策略來分：明盤、盲盤;按盤點工具來講：RF盤點、紙張盤點、電子標簽盤點等
庫存調整
批號調整，WMS系統需要支持批號、效期、生產日期的修改，好能有其修改審批記錄(不能隨便修改批號，需要經過一定審批流)
質量狀態調整，WMS系統需要支持質量狀態之間的調整，從合格調整到隔離或者不合格，從隔離調整到合格或者不合格，要控制不合格不能調整到隔離或者合格，好能有其修改審批記錄(不能隨便修改質量狀態，需要經過一定審批流)
報損報溢，WMS系統需要根據GSP要求及公司財務等管理制度提供報損報溢功能(有的是WMS發起，有的是上位ERP系統發起)
銷毀，WMS系統需要根據GSP要求及公司相關管理制度提供報銷毀功能，并能在系統記錄
(2)入庫流程方面
收貨環節，根據新版GSP要求需要WMS系統提供供應商信息(包括名稱、印章)、供貨信息核對功能，并能夠打印出相應收貨單據，同時要提供送貨信息(送貨承運商、運輸方式、送達時間、送貨人及聯系方式等)、來貨溫度(冷藏商品)等信息登記功能
驗收環節，驗收人員按規定進行藥品質量驗收，對照藥品實物在系統采購記錄的基礎上錄入藥品的批號、生產日期、有效期、到貨數量、驗收合格數量、驗收結果等內容，確認后系統自動生成驗收記錄，需要雙人質檢的需要提供雙人質檢功能
上架環節，WMS系統需要提供根據不同的驗收結論、商品溫度存儲要求、商品屬性存儲要求指定上架區域或庫位
上架庫位分配策略包括：合并同品，合并同品同批，找空庫位等
上架庫位分配順序包括：按P/C/B三個層級隨意組合，可以按區域及區域里排列層自主定義庫存庫位分配順序
特殊上架策略，可以根據貨主、客戶、商品特性、業務類型、商品質量狀態設置特殊的上架策略
(3)出庫流程方面
訂單處理(波次)環節，WMS系統需要支持根據貨主、運輸方式、運輸時限要求等選擇訂單，并按照不同需求來排程訂單處理的邏輯(如：僅補貨、先打標簽還是后打標簽、是否合并訂單等)，對于即將來臨的醫藥電商，還能根據訂單商品重合率、庫存擺放情況優化算法選擇訂單，排程波次，盡大能力提高揀貨效率。對于WMS決定批號的系統還需要支持批號決定原則自主配置功能
庫存分配策略包括：與揀貨數量相近的先出、先過期先出、先進先出、后進先出、固定庫位出、騰出多空位的分配策略(如：假如要揀20，目前有三個庫位有，分別為：20，10，10，則按此種策略就會把揀選任務分給兩個10)、揀大數量的貨位的策略(如：假如要揀20，目前有三個庫位有，分別為：30，10，10，則按此種策略就會把揀選任務分給兩個30)等
庫存庫位分配順序包括：按P/C/B三個層級隨意組合，可以按區域及區域里排列層自主定義庫存庫位分配順序
特殊分配策略，可以根據貨主、客戶、商品特性、業務類型、商品質量狀態設置特殊的分配策略
補貨環節，WMS系統需要支持主動補貨、被動補貨(波次補貨)、訂單池補貨等，做得好的還可以根據前一周期(天、周、月)銷量排序推進補貨
揀貨環節，WMS系統需要支持多種揀貨模式(按設備來分：自動化立體庫、電子標簽、語音揀選;按出貨層次來分：整托盤、整箱、拆零;按揀貨策略來分：先揀后分、邊揀邊分、單品揀貨等)
整托盤揀貨，WMS系統需要支持按托盤打標簽或者按箱打標簽
整箱揀貨，WMS系統需要支持揀貨任務優化(按照客戶揀、按照商品揀、按照動線揀)
拆零揀貨，如果是邊揀邊分WMS系統需要支持任務組優化(按照配送點組車、按照ABC區域分組任務優化、按照訂單重合度優化等);如果是先揀后分WMS系統需要支持揀貨商品組優化;如果是提前揀選WMS在發起任務時候需要根據各區域工作節奏優化排程任務(盡可能保證各作業區域任務均分、任務平衡);如果是自動注冊發起揀貨任務則也要對揀貨任務進行優化(有補貨任務的后發起，在一個區域內有任務的連續發起，各作業區域任務均衡，緊急任務優先等)
包裝復核環節，WMS系統需要支持紙張復核、條碼復核、拼箱(好結合內復核預歸類來實施)、集箱、打印裝箱清單、打印出庫標簽、電子監管碼采集(拆零電子監管碼現在各企業都沒有非常完美的解決方案，這個是行業痛點，如有人找到不錯的解決方案的話對行業將是一個重要貢獻)等，需要雙人復核的需要提供雙人復核功能
集貨環節，WMS系統需要提供RF指導集貨、分揀機集貨等功能
出庫復核環節，WMS系統需要提供紙張復核、條碼復核、集箱及電子監管碼采集等功能，需要雙人復核的需要提供雙人復核功能
出庫交接，WMS系統需要提供RF出庫或紙張出庫交接，隨運輸帶的單據(出庫清單、藥檢單等)、托盤、周轉箱登記或者采集等功能
(4)功能方面
藥檢單管理，需要提供藥檢單掃描、存儲、打印(可以按照波次、訂單、品批等維度打印，好實現和其他相關單據同步打印，如不能在一起同步也需要用序列號同步，便于后續匹配單據)、網上傳輸與下載及電子印章管理等功能
電子監管碼管理，WMS系統需要提供入庫掃碼(收貨前掃碼、收貨中掃碼、收貨后掃碼)、出庫掃碼(揀貨時候掃碼、拆零包裝復核時候掃碼、整箱集貨時候掃碼、整箱分揀線上自動掃碼等)、掃碼上傳功能，做得好的可以將掃碼融入到WMS作業流程中，做得再好的可以和上游對接碼或者和阿里健康對接，這樣就可以做到碼的校驗，否則拆零無法做到碼的數量及內容校驗(部分企業采取碼的部分內容校驗，可以盡大能力避免錯掃、漏掃，但無法完全規避)，個人認為電子監管碼體系系統頂層設計有問題，一無法完全做到藥品生命周期全流程可視、跟蹤、監督，二沒有反向校驗，三大幅度增加了生產企業、流通企業的經營成本，勞民傷財，需要對此體系重新評估和調整
貨轉功能，WMS系統需要提供一個倉庫里貨權發生變化，但實物僅大可能的不動的貨主轉換功能，這個對于第三方物流企業尤為重要，可以減少物流搬運、揀貨動作，降低供應鏈物流成本
耗材管理，耗材特別是冷鏈耗材是醫藥物流中心一項重要的運營成本，應該對耗材采購、收貨、領用、使用(如在包裝站增加耗材適應情況采集、集貨場地二次拼箱及包裝信息采集、冷鏈耗材使用信息采集等)、庫存管理等各環節提供系統管理功能，以期通過系統加強耗材精細化管理，降低耗材不必要的浪費和資金占用，并可以利用系統做好可用舊耗材利用記錄(進行獎勵和激勵)
冷鏈作業管理，WMS系統需要提供冷鏈作業相關的功能，如：冰排管理、包裝方案管理、冷鏈作業動作管理、冷鏈溫度跟蹤管理、風險點預警等，有的專門開發獨立的系統，這個也可以，不過需要和WMS有對接
權限控制及作業動作可追溯，WMS系統需要根據崗位、角色定義不同的權限，系統能對每一個作業動作進行實時記錄，并能夠保存超過一定時間供查詢
計費功能，WMS系統需要提供按照合同約定、費率、物流動作等規則進行計費功能(對賬、審核、調整等)