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倉庫管理系統(WMS)是標準化，智能化執行過程管理的倉庫管理軟件，能夠對倉庫進行準確，高效地綜合管理。
WMS在醫藥流通行業的應用
醫藥流通行業依托現代化物流設備和物流信息管理系統，通過有效整合營銷渠道上下游資源，優化倉儲配送環節中驗收，存儲，揀選，配送等作業流程，旨在縮短庫存及周轉時間，減少物流成本，以達到實現自動化，信息化和效益化目的，WMS在醫藥企業倉儲及配送環節到了非常重要作用。
在新版《藥品經營質量管理規范》（GSP）等法律法規的要求下一般來講醫藥倉儲物流和別的行業有如下區別：
1、重視批號管理，指定批號出庫:WMS系統必須針對每一批次藥品進行特性化、精細化管理，以藥品批次為管理對象進行各項作業；
2、重視藥品流向跟蹤；
3、重視藥品質檢管理及養護的記錄:確保對藥品質量的嚴格管控貫穿于WMS各作業環節始終；
4、重視精麻、一類等重點藥品等特殊藥品管理；
5、重視藥品的電子監管、器械唯一碼全程跟蹤管理；
6、重視藥檢單管理；
7、重視存儲條件劃分；
8、重視與物流設備的聯動等

基于上述特點，對醫藥WMS模塊來講有以下主要需求：
庫存管理方面
1、批次批號管理：有的需要管理到供應商、滅菌批號、合同號、批次，且要管理到效期及生產日期。
2、質量狀態管理：藥品質量狀態分為合格、隔離、不合格三種質量狀態。
3、序列號管理：藥品有電子監管碼，器械有GS1碼管理等。
4、養護管理：主要通過溫濕度實施監控，保證藥品的存儲條件來保證藥品的質量，系統里做好養護記錄。
5、效期管理：在各環節做近效期和過效期提示，對于過效期產品要進行鎖定停銷。
6、商品溫度及不同屬性存儲管理：不同藥品有其存儲溫度帶要求（常溫、冷藏等），不同的屬性有不同存儲要求（專庫存放、分區存放）。
7 庫存調整
① 批號調整；
② 質量狀態調整：支持從合格調整到隔離或者不合格，從隔離調整到合格或者不合格，不合格不能調整到隔離或者合格；
③ 報損報溢，不合格品銷毀功能。
入庫流程方面
1、收貨環節：支持正常入庫、銷退、直調操作、WMS系統提供供應商信息（包括名稱、印章）、供貨信息核對功能。
2、驗收環節：支持對產品批號、效期、生產日期等藥品屬性的控制。
3、上架環節：WMS系統需要提供根據不同的驗收結論、商品溫度存儲要求、商品屬性存儲要求指定上架區域或庫位。
4、藥監碼采集上傳
出庫流程方面
1、訂單處理（波次）環節：WMS系統需要支持根據運輸方式、運輸時限要求等選擇訂單進行排程，對于即將來臨的醫藥電商，還能根據訂單商品重合率、庫存揀貨優化算法選擇訂單。支持客戶選定批號客單定位。
2、補貨環節：WMS系統需要支持主動補貨、被動補貨（波次補貨）、訂單池補貨等。
3、揀貨環節：支持多種揀貨模式（按設備來分：自動化立體庫、電子標簽；按出貨層次來分：整托盤、整箱、拆零；按揀貨策略來分：先揀后分、邊揀邊分等）。
4、包裝復核環節：WMS系統需要支持RF復核、條碼復核、集箱、打印出庫標簽、電子監管碼采集等，需要雙人復核的需要提供雙人復核功能。
5、集貨環節：WMS系統需要提供RF指導集貨（TOB訂單）、分揀機集貨等功能。
6、出庫交接：WMS系統需要提供RF出庫或紙張出庫交接，隨運輸帶的單據（出庫清單、藥檢單等）、托盤、周轉箱登記或者采集等功能。